BioSolvetIT SeeSAR(可視化藥物設(shè)計(jì)平臺)

BioSolvetIT SeeSAR是一款直觀、可視化的藥物設(shè)計(jì)平臺，廣泛用于分子和原子化合物的原型設(shè)計(jì)和模擬。從虛擬篩選到基于片段的設(shè)計(jì)，包括所有對處理化合物和目標(biāo)結(jié)構(gòu)至關(guān)重要的工具，已經(jīng)根據(jù)任何化學(xué)家的需求進(jìn)行了微調(diào)，如ADME屬性評估，全面的顏色編碼，空置裝訂口袋可視化，以及許多其他功能，支持您做出合理的交互式?jīng)Q策。

BioSolvetIT SeeSAR為用戶提供了一個(gè)強(qiáng)大的工具來快速篩選配體修飾或延伸，以探索或填充靶結(jié)構(gòu)的結(jié)合腔。幫助您生成新的知識產(chǎn)權(quán)或解決分子中的問題，在Inspirator模式中實(shí)現(xiàn)的ReCore工具的支持下，SeeSAR在預(yù)處理庫(即所謂的“索引”)中搜索，以匹配所選分子區(qū)域中的替代物。  

軟件特色

1、快的

快速對接、設(shè)計(jì)和分析您的化合物，并提供快速而豐富的計(jì)算。

2、視覺的

通過直觀的顏色代碼和華麗的可視化評估配體-目標(biāo)相互作用。

3、容易的

我們提供令人滿意的即時(shí)藥物設(shè)計(jì)體驗(yàn)。沒有學(xué)習(xí)曲線！

BioSolvetIT SeeSAR安裝教程

1、下載BioSolvetIT Seesar資源包，進(jìn)行解壓獲得BioSolvetIT Seesar安裝包

2、默認(rèn)進(jìn)行安裝

3、安裝完成不要立即運(yùn)行

4、將patch文件夾中的exe文件復(fù)制到BioSolvetIT Seesar目錄下進(jìn)行覆蓋

5、之后打開BioSolvetIT Seesar即為注冊版本

軟件功能

1、蛋白質(zhì)模式

拖放你的蛋白質(zhì)，或者在網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫中輕松搜索。幾秒鐘內(nèi)，你的目標(biāo)就準(zhǔn)備好了，你可以開始了。

2、蛋白質(zhì)編輯器模式

根據(jù)你的需要修改你的蛋白質(zhì)。探索旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體，引入突變，定制側(cè)鏈。

3、結(jié)合位點(diǎn)模式

SeeSAR自動為您檢測配體的結(jié)合位點(diǎn)。此外，您可以通過添加單個(gè)殘基來精確擴(kuò)展它——或者只需單擊一下就可以找到蛋白質(zhì)中的空口袋。

4、分子編輯器模式

在2D或3D飛行中根據(jù)您的喜好修改分子。一旦你完成了，分子就直接為你的任務(wù)做好了準(zhǔn)備。

5、分析器模式

估計(jì)親和力，并使用可視化的海德評分解釋結(jié)果。篩選化合物的相關(guān)參數(shù)，計(jì)算ADME性質(zhì)，并獲得對配體-靶相互作用的完全控制。

6、注射器模式

創(chuàng)意無限！發(fā)現(xiàn)新的支架，探索并生長到自由腔中，或使用片段庫連接分子以獲得優(yōu)雅的解決方案。

7、停靠模式

只需一次點(diǎn)擊，即可將您的化合物對接！篩選活性物質(zhì)庫，并本能地評估您的結(jié)果。

8、相似性掃描儀模式

根據(jù)分子相似性排列化合物，無需目標(biāo)結(jié)構(gòu)。

更新日志

v13.1.1版本

共價(jià)對接的改進(jìn)

共價(jià)彈頭的自動探測；SeeSAR現(xiàn)在從輸入分子中檢測36種最常用的共價(jià)彈頭，并自動將其轉(zhuǎn)化用于共價(jià)對接，從而產(chǎn)生共價(jià)蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物。

一旦共價(jià)對接開始，檢測和轉(zhuǎn)化就在后臺進(jìn)行。

用戶現(xiàn)在可以避免手動編輯分子和在輸入分子的適當(dāng)位置添加連接原子的繁瑣步驟。

帶有接頭[R]的分子仍然像往常一樣支持共價(jià)對接。

適合共價(jià)對接的自動檢測蛋白質(zhì)殘基

SeeSAR現(xiàn)在檢測結(jié)合位點(diǎn)中的殘基Cys、Ser、Thr、Tyr、Lys、Gln和Asn，并將其制備為錨，用于通過對接以對接模式共價(jià)附著分子。

任何適合共價(jià)停靠在結(jié)合位點(diǎn)的殘基(來自上面的列表)在可能發(fā)生共價(jià)連接的側(cè)鏈上以藍(lán)色半透明膠囊突出顯示。

要選擇一個(gè)殘基進(jìn)行共價(jià)對接，只需單擊相應(yīng)的膠囊即可。共價(jià)對接的殘基分配通過膠囊顏色變?yōu)榉奂t色來直觀指示。

注意:對接過程中，SeeSAR不會確定所選殘基與對接庫中分子的相容性。來自?？繋斓乃蟹肿訉⑼？吭谶x定的殘基上。

外部硬件上的大規(guī)模塢站:引入外部對接模式

?？磕Ｊ介_關(guān)現(xiàn)在可以切換到右側(cè)，以找到SeeSAR的新模式，用于運(yùn)行大規(guī)模?？坑?jì)算外部硬件，如單個(gè)強(qiáng)大的機(jī)器或集群。

成功使用此模式的先決條件是配置HPSee、BioSolveIT的高性能計(jì)算框架，該框架也隨此版本一起推出。

一旦在外部服務(wù)器(遠(yuǎn)程機(jī)器、集群)上安裝了HPSee，就可以通過SeeSAR的系統(tǒng)設(shè)置中新添加的“Web服務(wù)”選項(xiàng)來配置對服務(wù)器的訪問。

該模式接受各種輸入，包括從其他模式添加的分子、從外部文件加載的分子以及通過HPSee上傳到外部服務(wù)器的庫。

此模式下的所有停靠運(yùn)行都在配置的外部硬件上運(yùn)行，一旦啟動運(yùn)行，用戶就可以切換到SeeSAR中的其他模式來執(zhí)行其他任務(wù)。

如果用戶愿意，也可以通過在系統(tǒng)設(shè)置的“計(jì)算”選項(xiàng)中打開相應(yīng)的自動計(jì)算，在服務(wù)器上完成?？孔藨B(tài)的海德優(yōu)化。

注意:一旦在此模式下啟動停靠運(yùn)行，建議不要改變所用蛋白質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)。

用戶通過播放按鈕上的進(jìn)度指示器得知正在進(jìn)行的對接運(yùn)行的狀態(tài)。

用戶可以通過單擊橙色按鈕來取消已經(jīng)開始的運(yùn)行，這將終止運(yùn)行并從服務(wù)器中刪除所有結(jié)果。

通過由消息中心傳送的適當(dāng)通知消息，用戶被告知他們啟動的運(yùn)行完成。

可用性改進(jìn):加強(qiáng)對顏色和可見度的控制

SeeSAR現(xiàn)有版本中的序列視圖現(xiàn)在被更恰當(dāng)?shù)孛麨椤澳繕?biāo)視圖控制”面板。該部分提供了改進(jìn)的可用性，以控制裝載到SeeSAR中的目標(biāo)大分子的不同組分的可見性和顏色。

不言自明的下拉項(xiàng)目“可見性”和“顏色”規(guī)定了目標(biāo)上的哪些成分，即殘基、鏈、分子、金屬和表面，將在其上進(jìn)行預(yù)期的顏色或可見性分配。

雜項(xiàng)改進(jìn)

將蛋白質(zhì)加載到蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)編輯器模式時(shí)，SeeSAR會檢查結(jié)構(gòu)的完整性，如果結(jié)構(gòu)不完整，會通過表格上蛋白質(zhì)條目上的指示器警告用戶。

如果SeeSAR檢測到PDB信息數(shù)據(jù)庫過期，PDB輸入?yún)^(qū)會顯示一個(gè)警告三角形。